1936ko gerratekoan, hasieran, Donostian ez zen garaile irten altxamendua. Urkijo diputatu eskuindarra baitzen, ezkerreko zenbait jenderen mendekuaren beldurrez Donostiatik ihes egin behar izan zuen eta haren etxea mehatxupean eta 14.000 liburu berezi zituen liburutegia arrisku bizian geratu ziren. Eusko Ikaskuntzakoak, Manuel Irujoren bitartez, Gipuzkoako Diputazioaren Leizaola idazkariari gertatzen zenaren berri eman zioten eta honek ondasun haiek inkautatzeko aitzakiarekin Gipuzkoako Diputazioaren Jauregira eramanarazi zizkien mikeleteei.

Julio Urkijo 1950ean hil ostean Gipuzkoako Diputazioak erosi egin zuen liburutegia eta gaur egun Koldo Mitxelena Kulturunean dago.