Mutatutako zelularen arabera:

Mutazio somatikoak: zelula somatikoei bakarrik eragiten diete.

Mutazio germinalak: gametoei eragiten dietenez, garrantzitsuak dira, organismo berriak zelula zigotoaren informazio bera edukiko duelako.

Arrazoiaren arabera:

Mutazio naturalak: espontaneoki gertatzen dira.

Eragindako mutazioak: artifizialki erradiazioek edo agente kimiko mutagenoek eragindakoak.

Eragindako material genetikoaren hedaduraren arabera.

Geneen mutazioak.

Kromosomen mutazioak.

Genomen mutazioak.