Euskalduna ontziola ohiko kaietan kokatua, Bilboko Itsasadarra Itsas Museoak bere ateak 2003ko azaroaren 20an zabaldu zituen. Guggenheim eta Euskalduna Jauregiarekin batera, Abandoibarrako pasealekua osatzen du. Bilboko historiaren eszenatoki izan den leku pribilegiatu honetan, Itsasadarrean buruturiko aktibitate komertzial eta industrialaren bihotza izanikoaren zehar nabigatuz, museoaren xedeetako bat itsasoa gizartera hurbiltzea da, Bilboko Itsasadarreko itsas ondarea berreskuratu, kontserbatu eta hedatuz.

Museoaren azalera osoak 27.000m2 osatzen ditu. Erakusketaren eremuak eraikinaren barnealdea nahiz kanpoaldea hartzen ditu. Kanpoaldean, dikeetan, erakusketaren zati garrantzitsu bat kokatzen da: dike lehorrak, ontziak, edo Carola garabia. Bestalde, 20.000m2-tako eremu honetan, atsedenerako gune zabalak aurkitzen dira eta Museoko kafetegia. Hiritarren aisialdirako leku aproposa da, eta pixkanaka itsas eta uretako aktibitateak batzen diren gune bilakatzen ari da. Bertan aldi baterako doako pantalanak ezarri dira, eta baita piragua eta bela eskola bat ere. Gainera, aukerako lekua da kanpoaldean ospatzen diren musika kontzertuetarako.

Museoko barnealdean, bi solairutan banatutako 5.000m2-tako eremuna, erakusketa iraunkorra eta aldi batetarako erakusketak aurki daitezke. Erakusketa iraunkorrean hiru gai nagusi jorratzen dira: Itsasadarraren bilakaera fisikoa, eta Bilboko itsas merkataritza eta industriaren eta ontzigintzaren bilakaera. Ontzien mota desberdinen maketak, dokumentuak, itsasadarra eta itsasoarekin lotura duten hainbat objektu, ikusentzunezkoak, edo tamaina naturaleko errekreazioak dira besteak beste bisitariak Bilboko Itsasadarra Itsas Museoa bisitatzerakoan aurkituko dituenak.

Gainera, Museoak ikastetxe eta ikasleei zuzenduta eskaintza berezia du ekintza eta aktibitate desberdinez osatua.