Hiru dira museo honetako erakusketa-arloak, eta horietatik ezagunena, arrain biziena. Ozeanarioa ur-putzu handia da; bertan hiru milioi litro ur baino gehiago sartzen dira. 90eko hamarkadan berritu zutenetik, metakrilatozko tunel baten barnetik pasatzeko aukera ematen du Donostiako Aquariumak eta, horrela, itsas bizitzaren 360ºtako ikuspegiarekin gozatu.

Horrez gainera, bisitariari esku hartzeko aukerak eman dizkiote. Horrela bada, mikromunduei buruzko bi esparru daude, zeinetan 40 aldiz handiagoak diren organismoak ikusi daitezkeen hainbat kameren bidez. Bestalde, akuario berezi bat dago, nahi duenak eskua uretan sartu eta animaliak ukitu ahal izateko.

Beste gune batean ozeanoetako bildumak daude ikusgai eta azken esparrua gure itsasoaren historiari buruzkoa da. Bertan Euskal Herriak historian zehar itsasoarekin izan duen lotura erakusten da.