Primeros años y estudios de jesuita.

Nació en Arrasate y allí mismo realizó sus primeros estudios. A los catorce años, impulsado por su intención de ingresar en la Compañía de Jesús, acudió al colegio de la Compañía en Durango. Allí sólo estuvo un año, aprendiendo, sobre todo, latín y griego y seguidamente fué a Loiola a realizar estudios de noviciado. En los años en que estuvo allí, junto a otros compañeros de estudios, formó un grupo que estudiaba temas vascos y dió los primeros pasos como escritor en la revista Jesusen Biotzaren Deya. Conocerá bien los textos clásicos latinos y griegos y le surgirá la idea de traducirlos al euskara. De Loiola fué a Oña y allí se doctoró en Filosofía.

Como otros compañeros jesuítas vascófilos es enviado lejos de Euskal Herria

Los superiores de la Compañía no veían con buenos ojos las actividades de aquellos jóvenes vasquistas y por ese motivo, quizá para tratar de enfriar aquella pasión, los enviaron a América: Andima Ibinagabeitia y Plazido Mujika a Colombia, otros compañeros a El Salvador y a Guatemalara y Jokin Zaitegi a Venezuela. En aquel país pasó tres años casi sin relaciones con Euskal Herria. Entretanto en España se produjo el advenimiento de la Segunda República y ésta expulso a los jesuitas de España. Como otros muchos compañeros le enviaron a Marneff, en Bélgica, para seguir los estudios de Teología, donde se volvió a encontrar con los acompañeros vasquistas de antes, particularmente con Andima Ibinagabeitia.

Una vez ordenado, otra vez a América

Se ordenó sacerdote en Marneff en 1935. Estuvo en Bélgica otro año más, hasta que en 1936 estalló la Guerra Civil en España. Entonces estuvo a punto de ir a Rumanía, pero, al final, los superiores le enviaron a un seminario de El Salvador. Sin embargo no fue directamente allí, ya que no disponía del permiso para entrar en El Salvador, sino que primeramente pasó seis meses en Panamá. Durante esta estancia estuvo estudiando inglés y tradujo al euskera la novela Ebangeline del escritor norteamericano Henry Wadsworth Longfellow (1847). Una vez establecido en Ell Savador se dedicó a la enseñanza y mientras tanto escribió Bidalien egiñak (Los hechos de los apóstoles), sobre la Sagrada Escritura del mismo título, obra que no llegó a publicarse entera hasta 1955 arte ez zen argitaratu obra hau osorik, ordea.

Zaitegi estuvo ocho años de profesor en El Salvador, hasta 1944. Mientras tanto Euskal Herria estaba sufriendo momentos amargos, primero por la guerra y luego bajo la cruel dictadura. Jokin seguía con dolor y nostalgia aquellos acontecimientos. Tenía, además, a su alrededor compañeros jesuitas que le hacían sufrir condenando su vasquismo.

Deja la Compañía y se va a Guatemala

Quería irse a Nueva York, a ayudar al Lehendakari Jose Antonio Agirre, que vivía exiliado en aquella ciudad, pero no le dieron permiso para ello. Se encuentra ante un duro dilema: agachar la cabeza o hacer lo que le pide su conciencia. Decide abandonar la Compañía y marcharse a Guatemala. Comienza a impartir clases en la Universidad San Carlos y en el Instituto América. En esta última institución las cosas van mal porque se lleva muy mal la dirección. Zaitegi se hace cargo de enderezar la situación y continua en aquella labor hasta que se pone a trabajar por su cuenta en 1951, comprando en la capital un colegio y una residencia de estudiantes. En 1946 publica en México dos libros: Goldaketan y Sopokelen antzerkiak, I. El primero es una colección de poemas; algunos del propio Zaitegi y traducidos otros. El segundo lo componen cuatro tragedias de sófocles traducidas del griego. En la Universidad enseña los clásicos griegos que había comenzado a estudiar profundamente siendo estudiante en Loiola. Entre todos aquellos autores su preferido era Platón, por lo que se dedica a traducir al euskera a este filósofo.

En 1950, en Guatemala, crea la revista Euzko Gogoa.