En 1893 comenzó los estudios de Filosofia, sobre todo ansioso de aclarar sus dudas de fe. Larralde que fue profesor suyo le recomendó que dejara a un lado sus dudas y que siguiera los pasos de Jesucristo y de la Iglesia. En 1894 fue a la Universidad de Burdeos a estudiar Medicina. Para graduarse como doctor redactó una tesis sobre las características físicas y las lesiones típicas de los pelotaris. En el prólogo de la tesis ensalza las costumbres, la lengua y la religión de Euskal Herria. Aunque tenía debilitada su fe, nunca la perdió del todo.

Con 24 años se tituló como médico. Después de permanecer 4 años en Lekorne, ejerció de médico en Aldude durante 21 años.

Cuando estalló la Primera Guerra Mundial, tuvo que participar en ella. En aquel tiempo recuperó la fe que había perdido en gran parte. Después, se casó y fue médico en Kanbo. Hizo amigos en Euskal Herria Sur, con lo cual adquirió conocimiento del movimiento cultural vasco de esta parte y también tuvo influencias del purismo lingüístico que se respiraba en aquella época.

Su vida estuvo totalmente vinculada a su profesión. Más aún, aprendió alemán para estar al corriente de los avances de la medicina. Murió trabajando.

Articulista en numerosas revistas

En 1902 comenzó a escribir en la revista Eskualduna, sobre temas poco habituales en aquellos medios: salud, economía, política francesa, política internacional, etc. No quería escribir medio en gascón medio en euskera, era partidario de un euskera puro.

Junto con su hermano Pierre, que era sacerdote, publicó durante diez años Eskualdun laborarien almanaka, hasta la guerra de 1914. Antes de la fundación de Euskaltzaindia se hicieron muchas reuniones con la intención de crear la Academia vasca. Etxepare participó en aquellas reuniones. Cuando se fundó Euskaltzaindia en 1919, le nombraron académico correspondiente. También fue presidente de Euskalzaleen Biltzarra.

También fue colaborador en la revista Gure Herria. En las páginas de esta publicación vieron la luz por primera vez los textos de lo que más adelante sería su obra Beribilez.

Sus dos obras Buruchkak yBeribilez

No publicó más que dos libros. En 1910 publicó su primera obra, con el título Buruchkak, que era una colección de artículos. Es un hermoso libro, pero en dos de sus artículos trataba temas que resultaron ser conflictivos: la enseñanza de la religión y el sexto mandamiento. Antes de que se publicara la obra envió una copia a su novia; ésta después de leerla, rompió el libro y dio fin a la relación. Como consecuencia de ello, decidió no publicar el libro y distribuyó algunas copias entre sus amigos.

En 1931 publicó sus segunda obra, Beribilez, crónica de un viaje por Nafarroa y Gipuzkoa. Está escrita en bajonavarro y trata también de alunos temas espinosos. En uno de los capítulos, los viajeros llegan al Santuario de Loiola, donde un jesuíta les habla en contra de San Ignacio y de otros santos.

Se le ha considerado creador de un nuevo dialecto literario, basado en el bajonavarro, pero sin abandonar el labortano.

Lo que Laffite decía de Etxepare

Según Laffite, Etxepare es "el mayor de los escritores euskéricos", "el maestro" y "nuestro mayor ensayista". "Sus obras, Buruchkak y Beribilez son obras maestras... Ha creado un nuevo euskera, yo le llamaría euskera aristocrático, tan atrevido como el de Abbadia y más rico, menos flexible que el de Hiriart-Urruty, un euskera capaz de mostrar los matices del sentimiento y de la inteligencia".