Xabier llegó a París a comienzos de octubre, ya comenzado el curso, y se alojó en el colegio Sainte-Barbe con el fin de estudiar filosofía.

En aquella casa era obligatorio el uso del latín, tanto en las horas de clase como fuera de ellas. Para poder seguir estudios era necesario obtener un certificado de aptitud tras superar un severo examen. El primer año que pasó Francisco en París lo tuvo que dedicar a preparar el examen de latín. Empezó a estudiar filosofía en 1526 y obtuvo la licenciatura en marzo de 1530. Así se convirtió en miembro de la facultad y ejerció como profesor de filosofía desde octubre de 1530 hasta la primavera de 1534 en el Colegio Beauvais de París. No obstante, no tenía intención de continuar indefinidamente como profesor en París, sino que quería doctorarse, ordenarse sacerdote y obtener un cargo en una institución eclesiástica, preferentemente llegar a ser canónigo de la catedral de Iruñea.

Para lograr un cargo de esta naturaleza resultaba ventajoso pertenecer a la nobleza, por lo que Francisco solicitó al Consejo General de Navarra un certificado de nobleza.