Tras finalizar sus estudios, volvió a Baeza donde ejerció de médico durante 17 años. Allí se casó con su prometida navarra Águeda de Velasco y tuvieron siete hijos. Por otra parte, era seguidor de San Francisco de Asís, razón por la que entró en la congregación de la Tercera Orden.

Examen de Ingenios, el libro de Huarte, prohibido por la Inquisición

En 1575, Juan Huarte publica el que será su único libro Examen de Ingenios. En aquella época, durante el reinado de Felipe II, se respiraba un aire enrarecido, debido al miedo que la Inquisición había sembrado en el país. Después de seis años de publicar el libro, la Inquisición lo prohibió de repente, primero en Portugal, en 1581, y después en España, en 1583. La razón: su intento de probar la continuidad entre materia y espíritu, cuerpo y alma.

Huarte pasará los siguientes seis años reescribiendo el libro para que vuelva a ser publicado; sin embargo, morirá en 1589, antes de que su libro sea reeditado.

El libro Examen de Ingenios describe los caracteres del ser humano, la sabiduría que se corresponde con cada carácter y las señales por las cuales se puede conocer el carácter de una persona. En opinión de Huarte, el cuerpo tiene mucha importancia, ya que el espíritu se fundamenta en el cuerpo. Era un ferviente creyente, sin embargo, tras seis años de la publicación de su libro, la Inquisición lo prohibió. No le gustó que Huarte atribuyera cierta inteligencia y vida moral a los animales. Además, tampoco debió agradar a las autoridades eclesiásticas que Huarte se mostrara escéptico con respecto a los milagros, pues había dejado escrito que, una vez creado el mundo, Dios se atiene a las condiciones naturales que le ha impuesto.

El libro de Huarte tuvo muchas reediciones y fue publicado en seis idiomas: francés, inglés, italiano, alemán, flamenco y latín. La primera edición tenía 15 capítulos y la segunda edición, ampliada a 22 capítulos fue editada en 1594, cinco años después de su muerte.

Tuvo infuencia sobre muchos autores

Pertenenciente a la corriente humanista, Juan Huarte sembró, con su libro, la semilla de las ideas que se plasmarán siglos después en tratados filosóficos y científicos. Hoy en dia, filósofos, médicos, psicólogos, lingüistas e historiadores elogian al humanista natural de Donibane-Garazi.

Mauricio Iriarte y Unamuno han comprobado que algunos puntos que aparecen en el Examen de Ingenios de Huarte, fueron plasmados posteriormente en la famosa obra Don Quijote de la Mancha. Por otra parte, en la renombrada obra de Jean-Jacques Rousseau Emile, también se pueden apreciar muchas ideas de Huarte, especialmente en relación con la educación infantil.

Además, según Noam Chomsky, Huarte fue el precedente del camino que tomó la teoría lingüistica en la era moderna, y precedente del innatismo racionalista. Por otra parte, Huarte es considerado el creador de, al menos, tres nuevas ciencias: psicología diferencial, orientación profesional y eugenesia; además de la frenología de Gall, autor que le cita textualmente.

El libro de Huarte, nos recuerda al psicoanálisis de Sigmund Freud, en el siglo XX. Encuentra en el aspecto corporal de cada ser humano la capacidad espiritual y el carácter de cada uno: según el aspecto corporal, la persona tendrá una u otra forma de ser. Hipócrates y Galeno son las fuentes en las que basa su tipología de caracteres.

Según Laín Entralgo, médico que estudió la historia de la Medicina, Huarte es un pensador que se adelantó a su época, ya que pregona ideas que después se plasmarán en la futura antropología.

En palabras de Marañón, "cuatro siglos después, la mayoría de sus datos clínicos y sugestiones psicológicas siguen siendo utilizables".