Descripción y comentarios:

Es un edificio gótico del siglo XV, el claustro es de estilo gótico flamígero del siglo XVI, y a los pies de la iglesia se alza la torre del siglo XVII.

Se dice que el primer documento donde se cita la iglesia data del año 1305, pero la iglesia actual es del siglo XV, a pesar de que desde citada fecha se han realizado innumerables ampliaciones.

En el año 1526, Don Rodrigo Zuazola, fundador de la Universidad Sancti Spiritus, ordenó construir el claustro y la capilla de Nuestra Señora de los Dolores. Ambas construcciones datan del año 1533. En el año 1592, se elevaron los muros de la nave central. En el 1710, dieron comienzo las obras de la portada principal, siendo Martín Zaldúa el maestro de la obra, pero la finalizó M. Martín Carrera. En el año 1717 comenzaron las obras de la sacristía que actualmente podemos apreciar. Tres años más tarde, Domingo Zumalde labró la pila de agua bendita. La torre fue construida durante los años 1779-1784, siguiendo el diseño realizado por M. Martín Carrera.

El claustro fue adosado en el siglo XVI, por lo que la planta de la iglesia es irregular. Las cuatro naves se cubren con sencillas bóvedas de crucería , y con bóveda nervada la capilla de Nuestra Señora de los Dolores. La nave central es un poco más alta que las laterales, y está sujeta por arbotantes exteriores. Cada una de las tres naves cuenta con su propio ábside, y la central y la del Rosario son de forma poligonal.

El altar está más elevado que la iglesia, por lo que hay acceder subiendo varias escaleras. Bajo el altar se ubica la cripta, del siglo XVII, donde se conserva el sepulcro de alabastro de los Condes de Oñati. Las capillas de la nave del lateral izquierdo rompen con la unidad interior de la iglesia.

A los pies de la iglesia, el alto coro , que recorre todo el ancho de la iglesia, y se fija en una bóveda de crucería sujeta por robustos apoyos de estilo gótico. En las claves de las bóvedas nervadas que cubren la Capilla de Nuestra Señora de los Dolores y en la antigua nave de San Sebastián aparece el escudo de armas de Don Rodrigo. Y, por otra parte, en la nave central y en las laterales, el escudo de armas de la familia del conde de Oñati. En la parte derecha se ubica la cuarta nave de cuatro tramos, que además de formar parte del claustro, ambas zonas se comunican. Se cubren con la misma bóveda de crucería estrellada, y muestra el escudo de armas del obispo Zuazola.

La iglesia se ilumina a través de grandes ventanas circulares ubicadas en la nave central y en la del Rosario.

El claustro se erige sobre el río, apoyado en dos puentes de un solo ojo. Cada puente sujeta un ala, y el voladizo consta de tres tramos de cruces: el voladizo de la parte sur, situado frente a la cuarta nave, además, presenta otros dos tramos más.

Cuando se realizó el primer proyecto, la idea era construir tres voladizos, y, precisamente, esa puede ser la razón por la que la planta del claustro sea irregular; de hecho, el proyecto del claustro fue modificado tras construir un tramo; el proyecto inicial, en lo que respecta a la iglesia, fue modificado por razones de problemas de construcción.

Las grandes ventanas del claustro son de traza gótica y disponen de parteluz ; los elementos decorativos de la parte exterior del claustro y los de las ventanas están realizados en el mismo estilo; en las paredes del claustro aparece el escudo de armas del obispo, sujetas por las ventanas y se corona con sombrero. Los escudos de armas están enmarcados y forman un arco conopial , y todos los contrafuertes presentan su propio nicho , que dan cobijo a una escultura, bajo el velo .

La torre está construida en estilo neoclásico: se alza a los pies de la iglesia, y está compuesta por tres cuerpos; el cuerpo principal se muestra con columnas de orden dórico que sujetan pequeños frontones rebajados, y está decorada con las estatuas de los cuatro doctores de la iglesia latina.

La portada principal, la cual se abre en el segundo tramo de la nave de la izquierda, está construida en estilo barroco, y dividida en dos. En el inferior, alrededor del nicho central que corresponde a la Purísima Concepción, se pueden apreciar relieves de ángeles y nubes; y a cada lado de las jambas , un nicho con las imágenes de los apóstoles. En la parte superior, un frontón abierto que luce decoración de hojarasca, rodea la imagen de San Miguel.

La sacristía es de estilo barroco, y está ubicada a los pies de la iglesia. Se cubre con bóveda de lunetos de tres partes; también cubre un tramo de la parte frontal de la sacristía, seguramente más antigua.