Según parece, Sancho III el Mayor de Navarra ya debió ordenar que se construyera una torre de defensa para el siglo XI; en 1194, Sancho VII el Fuerte reconstruyó el castillo en la cima del monte Urgull, y lo convirtió en fortaleza defensiva. El siglo siguiente, durante el reinado de Alfonso VIII, se llevaron a cabo las obras de circunvalación del castillo. Sus sucesores, desde Fernando IV hasta Juan II, llevaron a cabo las correspondientes tareas de conservación y de dotación. Durante los siglos XIII y XIV la estructura del castillo no sufrió grandes cambios, pero sí en el siglo XVI, en el que, por ejemplo, se le añadieron varios cubos.

En el siglo XVII continuaron haciendo obras, sobre todo tras la destrucción del castillo en 1688, como consecuencia de la explosión de los polvorines durante una tormenta. Hércules Torrelli se encargó de elaborar los nuevos planos. Durante el siglo XVIII también se realizaron algunas obras, pero se dieron cuenta de que aquellas fortalezas no eran nada prácticas. En 1863, las murallas de San Sebastián fueron derribadas y, en consecuencia, la ciudad quedó desprotegida, por lo que se llevaron a cabo algunas obras durante el último cuarto de siglo con el fin de fortificar el monte Urgull. A comienzos del siglo XX, esos sistemas de defensa resultaban obsoletos y poco a poco se fueron abandonando. El 25 de agosto de 1921 el Ayuntamiento de San Sebastián compró el monte Urgull al ejército español y lo transformó en parque. En 1925 fue declarado Monumento Nacional. En 1955 se colocó la estatua del Sagrado Corazón en la parte superior del castillo. En 1963, viendo que el castillo estaba muy deteriorado, el Ayuntamiento emprendió los trabajos de renovación.

El castillo de la Mota cuenta con varios sectores: una de ellos es el torreón (conocido como el "Macho"), construido seguramente en el mismo sitio que el castillo que se levantó sobre la roca en el siglo XI (el Sagrado Corazón ocupa en la actualidad su parte superior); también cuenta con fortalezas y cañoneras, para defensa del castillo y de la ciudad. Entre ellas debemos destacar la fortificación denominada el Mirador, construida el siglo XVII, así como las baterías de la Reina y de Napoleón, construidas durante la ocupación francesa; también son destacables, entre otras, la batería de las Damas, la de Santa Clara, la del Gobernador y la batería Bardokas. Las últimas se construyeron en el siglo XVIII, tras la invasión llevada a cabo por el duque de Berwich.

De la muralla de Espanochi, construida en el siglo XVII, sólo quedan el lienzo del puerto, en el lugar conocido como "Paseo de los Curas", y algunos restos de cimientos entre el convento de Santa Teresa y el baluarte del Mirador. Uno de los lugares de mayor lirismo es el Cementerio de los Ingleses (está al norte), que alberga las tumbas de oficiales ingleses que lucharon en el ejercito aliado durante la Guerra de la Independencia, o en las legiones inglesas durante las Guerras Carlistas.

En el espacio que abarca el "Macho", hay una capilla dedicada al Cristo de la Mota. No sabemos cuándo fue construida, pero sí se sabe que no resultó destruida cuando estallaron los polvorines en 1688.