El edificio original de la Universidad se encuentra en una parcela de tierra rodeada de jardines en la ribera de Deusto, en el entorno delimitado por el río Ibaizabal y el monte Artxanda. Está ubicado en un lugar tranquilo y aislado, pero al mismo tiempo cercano a la ciudad. En la época de su construcción, fue el edificio más grande de Bizkaia, tras el seminario de Derio. Se encargaron los planos al arquitecto madrileño Francisco Cubas, que no dibujó los de todo el edificio, por lo que también participó el arquitecto bilbaíno J. María Basterra, aunque, tras las numerosas ampliaciones realizadas, ya no queda casi nada del trabajo original de éste. El arquitecto Francisco Cubas tenía mucho prestigio, y fue por ese motivo que acudieron a él; además, había hecho encargos para la Compañía de Jesús en Madrid y había trabajado en el castillo de Butrón.

El campus de la Universidad arranca del edificio principal: la Linterna. Como consecuencia de la evolución sufrida por el centro, tuvieron que construir nuevas instalaciones: el edificio de la Universidad Comercial y el Centenario, y, como complemento de los anteriores, talleres de reparaciones y espacios deportivos (hoy en día sólo queda el campo de fútbol).

Los trabajos para construir la Linterna comenzaron en 1883. Para aligerar la planta, construyeron dos, idénticas, organizando en torno a ellas el resto de las estancias. Tras subir las escaleras, tenemos la capilla gótica y la antigua biblioteca (hoy en día, se utiliza como aula de postgrado). Así pues, la escalera conduce a dos templos: al religioso, que está al final del recorrido, y al templo de la sabiduría (biblioteca).

La estructura de la parte delantera del edificio la conforman tres cuerpos salientes. En el del centro, se encuentran la entrada principal y la antigua biblioteca, y a los lados, la capilla pública (desaparecida) y el paraninfo. Estos elementos representaban las dos funciones de la universidad: religiosa y docente.

La gran fachada principal fija la imagen de todo el conjunto y también es el elemento que le da su lugar en la ciudad al edificio. Esta compuesta por un muro y tres cuerpos que sobresalen, de los que el central es más ancho y algo más alto que los dos laterales.

Es un edificio ecléctico, pero, al mismo tiempo, armonioso y equilibrado; de hecho, a primera vista parece un edificio completamente simétrico, sin diferencias. En general, está construido según las normas clasicistas, como suele ser habitual en los edificios civiles; para la iglesia pública, sin embargo, se utilizaron elementos románicos.