El 24 de septiembre de 1534, don Rodrigo Mercado Zuazola informó al Concejo de Oñati de su deseo de fundar un centro de enseñanza. En aquella época, para fundar una universidad era precisa una bula papal. Pablo III la concedió el 23 de abril de 1540, pero el permiso definitivo no llegó hasta 1549, fecha para la cual Rodrigo Mercado Zuazola ya había fallecido. Los trabajos de construcción comenzaron en 1540, si bien se desconoce el nombre del arquitecto que los dirigió. Domingo Carrera, Pierres Picart y Gibaja, cantero, escultor y constructor del artesonado respectivamente, asumieron la responsabilidad de sacar adelante el proyecto. En 1548 se dieron las primeras clases en la nueva universidad.

El centro de enseñanza siempre tuvo problemas económicos, y no consiguió el permiso para impartir enseñanza superior hasta 1777. En el siglo XIX tuvo que hacer frente a una serie de debates. En 1807, por medio de un decreto, se interrumpió la actividad de la Universidad de Oñati, junto con la de otras diez, actividad que fue retomada durante los años siguientes, pero, como estaba considerada como la universidad de los carlistas, se tomaron algunas medidas en su contra y fue convertida en instituto de Enseñanza Secundaria. Después de ser Escuela Agraria, Universidad Foral, Seminario..., se volvieron a impartir estudios universitarios en el curso 1895-1896, que fueron suprimidos definitivamente en 1901, por medio de un Decreto Real. En esa última fase, se ofertaron estudios de Filosofía y Letras y Derecho, así como estudios complementarios para la carrera de Notariado. En la actualidad es sede del Archivo de Protocolos, del Instituto Internacional de sociología jurídica y de diversas dependencias del IVAP. Rodrigo Mercado se esforzó enormemente por conseguir que esta universidad fuera algo fuera de lo común, y no cabe duda de que, en la actualidad, es el mejor edificio renacentista del País Vasco.

Se trata de un edificio exento, de planta rectangular y con un patio interior. Mide aproximadamente 46,20 metros de largo y 37,50 de ancho. Al igual que las universidades de la época, la de Oñati cuenta con galerías, capilla (a un lado del soportal) y grandes salas. Los muros son de mampostería vista no pulida, y muestran un gran contraste con los sillares de los esquinales, los marcos de los vanos y con los finos tallados. Es un edificio de dos plantas, con escalera claustral de piedra, de estilo mudéjar, que cuenta con un magnífico artesonado. Posteriormente, se construyó otra escalera en el otro lado del patio.

La fachada principal presenta tres cuerpos: uno cuerpo central y dos cuerpos laterales, en los que podemos apreciar dos cubos, a modo de grandes torres y que cuentan con una planta más que la sección central. En dicho cuerpo central salen dos contrafuertes adornados a modo de templete, siguiendo la tradición gótica. El cuerpo central enlaza con los dos laterales, que también presentan contrafuertes en los dos extremos exteriores, de mayor belleza que los del cuerpo central. El conjunto presenta características clásicas, pero se aprecia la influencia de estructuras góticas en las torretas de la fachada principal y en los contrafuertes laterales ?altos y esbeltos?. Dicha influencia es aún más evidente en otras características: la abundante decoración, las ménsulas de las estatuas, los fustes de los postes, los elementos que aparecen en los frisos y en las partes superiores (recuerdan a las gárgolas góticas).

El cuerpo central de la fachada está compuesto por tres planos superpuestos. En el primer plano se encuentra la puerta, con un arco de medio punto y bajo unas molduras decoradas con cabezas de ángeles. En las enjutas destacan los relieves de Adán y Eva. A los lados, entre postes ?que presentan una profusa decoración bajo el fuste- hay dos estatuas del santo fundador sobre pedestal. En el segundo plano, bajo un gran arco de medio punto, tenemos la estatua del obispo don Rodrigo, en actitud orante. El obispo se halla entre unos pequeños pilares abalaustrados, y dos ángeles sostienen su escudo de armas, compuesto por dos soles divididos por una banda y que presenta la siguiente inscripción: "Sol justitiae Xpo. Deus Noster a solis ortu usque ad occasum". En el tercer plano de la fachada hay un gran escudo de armas de Carlos V, sobre el que puede verse un humilde campanario con un frontón triangular que, como elemento decorativo, presenta un medallón en el tímpano.

Los elementos más decorativos de la fachada delantera son las pilastras que hay a los lados de la entrada y en los extremos de las grandes torres. Además de relieves mitológicos, podemos apreciar las estatuas de treinta santas y las alegorías de las virtudes. Las imágenes de esas grandes pilastras quedan entre postes, que presentan diferentes elementos decorativos en la parte inferior de sus fustes; lo mismo sucede con los elementos decorativos de los nichos y de las peanas. En el resto de la fachada delantera pueden verse algunos vanos: todos son ventanas, salvo un balcón saliente y corrido. Los elementos más destacables de los vanos son el trabajo de forja de la baranda del balcón y los barrotes de las ventanas. La cubierta, en todo el edificio, se apoya sobre cornisas de piedra moldurada, con gárgolas en todas las esquinas, salvo en la cubierta de la fachada trasera.

La fachada izquierda presenta 11 ejes de vanos, distribuidos asimétricamente. En la fachada trasera hay nueve ejes de huecos; salvo una entrada, todos son ventanas, y también están distribuidos asimétricamente. En la fachada derecha, hay seis ejes, agrupados de dos en dos. Los de la planta baja son ventanas rectangulares, mientras que los de la primera planta son balcones algo salientes, con arco de medio punto y sillería (también tienen unas pocas molduras).

Tras franquear la suntuosa entrada, se accede a un magnífico claustro, con arcos de medio punto decorados con finas molduras. Entre el pórtico y el claustro hay un vestíbulo en el que destaca el artesonado, similar al de la escalera, construido al parecer por el abulense Gibaja. En la puerta del pórtico hay una inscripción en latín que viene a decir más o menos lo siguiente: "Construido por Rodrigo Mercado Zuazola, obispo de Ávila, virrey de Navarra y presidente de Granada. Falleció el 4 de febrero de 1548".

El claustro tiene dos pisos, enlazados por la escalera claustral. Tanto los balaustres de la galería del segundo piso como el artesonado de la cubierta son sencillos. En las claves de los artesones se alternan el anagrama de Cristo y el sol del escudo de armas del obispo. La forma del claustro es bastante rectangular; presenta seis arcos en los lados menores y siete en los mayores. Treinta y dos medallones decoran las enjutas (ahí se aprecia el trabajo de Pierres Picart).

En el patio y en las fachadas del edificio aparece otro elemento típico de la época: los escudos de armas tallados. Hay uno en todos los ángulos del claustro y dos más en el centro de cada uno de los lados. Originariamente, el edificio contaba con una cumbrera gótica en la parte superior, pero hoy en día no quedan más que las gárgolas, que, en el claustro, cumplen la función que tenían antiguamente, mientras que en el exterior son simples elementos decorativos.

La capilla también es digna de análisis. Se accede a ella desde el vestíbulo, a través de un arco de medio punto que queda a la derecha. Es de planta rectangular, construida con mampostería que ha quedado a la vista. Está rematada por una compleja y enrevesada bóveda de crucería. Las claves de la bóveda están decoradas: IHS, los soles del escudo del obispo, y el propio escudo. Las bóvedas se apoyan sobre ménsulas talladas con motivos del ángel de la guarda. En el lado de epístola hay dos ventanas con arco de medio punto. En la parte trasera hay un coro alto, de madera.

El elemento más llamativo de la capilla es el retablo renacentista, que ocupa toda la cabecera. Se dice que también fue construido por Picart. Presenta una decoración muy rica, tanto en cantidad, como en variedad.