Antes de que Gernika recibiera su carta-puebla, los vizcaínos que antaño conformaban la comunidad del Señorío dilucidaban sus problemas en torno al roble de la colina de Lumo, sobre la ría de Gernika, muy cerca de la ermita en honor de Santa María. Posteriormente, dicha ermita pasó a denominarse ermita de Santa María la Antigua, para diferenciarla de la actual iglesia parroquial. El actual árbol o Roble de Gernika es el sucesor de aquel roble alrededor del cual se reunían los diputados del Señorío, y se encuentra en el conjunto conocido como Casa de Juntas de Bizkaia.

El conjunto incluye los siguientes recintos: la propia Sala de Juntas, un archivo, un museo, la tribuna y el templete con el árbol. Se trata de un conjunto neoclásico construido por Antonio Etxebarria entre 1826 y 1833. No obstante, el proyecto de Gernika no está concluido, ya que se construyeron solamente dos de las tres partes proyectadas en principio. En el proyecto original estaba previsto construir una iglesia en el centro de todo el conjunto, para llevar a cabo las juras de los mandatarios. Asimismo, se contemplaba la construcción, en dirección norte-sur, de una serie de edificios simétricos a los construidos. Sin embargo, el resultado es el actual edificio asimétrico.

La Sala de Juntas es el templo. Dicha sala fue modificada, para lo cual aislaron la bóveda de la nave. Está organizada elípticamente en dos espacios: en uno de ellos se encuentran los asientos de los diputados, y el otro es una especie de galería corrida. Asimismo, dentro de este espacio, pueden verse una serie de obras pictóricas que representan a los señores de Bizkaia, al igual que otros trabajos en óleo del siglo XVII, etc. La tribuna para la jura de los mandatarios se encuentra en el exterior, en medio de un jardín. Consiste en un soportal de ocho columnas de estilo corintio, en el cual se encuentran los asientos de honor del Señorío, de las merindades y del corregidor.

En el último siglo y medio, el Roble de Gernika ha estado en la parte delantera de la tribuna. Era un retoño del roble histórico que llevaba plantado en la Casa de Juntas desde 1859, pero se marchitó en la primavera de 2004. En la parte trasera de la tribuna, se encuentra el tronco del Árbol Viejo. En la actualidad se guarda dentro de un templete circular, rodeado de columnas. Dicho templete se colocó ahí en 1929, en sustitución de una urna de cristal.

En el archivo de la Casa de Juntas se guardan multitud de documentos fundamentales para conocer la historia del Señorío (el archivo se encuentra en un ala del edificio). Además, en varias salas del museo, pueden verse algunas excelentes muestras del arte vasco, fundamentalmente obras de arte moderno y contemporáneo. Igualmente, se guardan las memorias de personajes conocidos, políticos y poetas.