La idea de crear esta sociedad surgió de las conversaciones que el conde de Peñaflorida solía mantener en el palacio Insausti de Azkoitia a mediados del s. XVIII. A esas conversaciones acudían el propio Munibe, el marqués de Narros, Ignacio Manuel Altuna, Joaquín María Egia, etc. Todas ellas eran personas acaudaladas, que habían viajado por Europa y que sentían que Euskal Herria estaba retrasada. Querían hacer algo para cambiar aquella situación. Para 1763 ya tenían hecho el proyecto de sociedad, al año siguiente la fundaron en Bergara y en 1765 celebraron la primera Asamblea General. Fueron reuniéndose anualmente y en esas reuniones decidieron organizar la sociendad en torno a cuatro secciones: agricultura, ciencias y artes útiles, industria y comercio y, finalmente, política y buenas letras. Fueron miembros de esta sociedad algunos de los más grandes progresistas de aquella época: el economista vitoriano Foronda, el que fue Intendente de Andalucía Olavide, el fabulista y alcalde de Tolosa Samaniego y otros más. La Sociedad Bascongada de Amigos del País fundó el Real Seminario de Bergara para educar a los jóvenes. En aquel colegio cobró gran importancia la enseñananza de la Química y la Mineralogía. En este campo investigaron el químico francés Proust y los hermanos Elhuyar, que inventaron el procedimiento para aislar el wolframio. En 1779 abrieron escuelas de dibujo en Gasteiz, Bilbao y Bergara y un poco más tarde otras en Donostia y Soraluze.