El Museo, ubicado dentro de la Iglesia de Santa María, alberga la colección de obras de arte religioso de la Diócesis de San Sebastián. Puesto en marcha por Manuel Lekuona y José Mª Zunzunegui, sus actuales responsables continúan recorriendo y rastreando, indagando e investigando en archivos y sacristías parroquiales, en iglesias, ermitas, conventos y casas parroquiales, en busca de huellas de la historia religiosa plasmada en obras de arte.