En 1506 colocó la estatua de Laocoonte en la colina de Esquilino. Durante los dos siguientes siglos fueron añadiendo más elementos a aquellos y las colecciones fueron reorganizándose en la época de Benedcito XIV (1740-1758) y en la de Clemente XIII (1758-1769). Éstos fundaron los Museos Apostólicos: el Museo Sacro (1756) y el Museo Profano (1767). El Museo Cristiano, fue creado por Pío IX en 1854, en el palacio de Letrán, con el fin de reunir todas los objetos que fueron encontrados en las catacumbas y que no podían conservarse en ellas. Juan XXIII lo trasladó al museo Vaticano. Pío XI inauguró la Pinacoteca del Vaticano en 1932, cerca de la entrada a los museos vaticanos.