Al principio, las piezas encontradas se guardaban en un edificio pequeño cerca de la zona de la actual Azbakia, en el centro de El Cairo. Más tarde, la colección fue trasladada a otro edificio de la ciudadela de Saladino. En 1858 se construyó un edificio en Boulaq con las piezas reunidas por el arqueólogo franés August Mariette. Y en 1880 el contenido del museo de Boulaq se trasladó a un edificio adjunto al palació de Gizeh del pasha Ismail. El museo actual, de estilo neoclásico, fue construído en 1900 por el arquitecto francés Marcel Dourgnon. Este museo alberga las momias de diversos faraones que reinaron durante las dinastías 18 y 20, halladas en Tebas. Se exponen más de 120.000 piezas: restos encontrados en las tumbas de los reyes y de los miembros de la familia real. Sólo en la tumba de Tutankamon se encontraron 3.500 piezas. De todas ellas, se exponen 1.700 piezas, el resto está guardado en los depósitos.