Sobre una planta trazada por Juan Bautista de Toledo (h.1515-1567), Juan de Herrera dotó al monasterio encargado por Felipe II de un estilo purista, de gran sobriedad, plenamente imbuido del espíritu de la Contrarreforma. El conjunto arquitectónico, construido entre 1563 y 1584, agrupa en una monumental pieza, y con limitados recursos decorativos, un convento, una basílica y un palacio, integrados en una singular combinación de grandes masas y volúmenes.