Joanes Huarte Baezako sendagile izan zen garaian bazen herri hartan, 1538az geroztik, unibertsitatea. Pizkundea Andaluzian errotu zen seinale da hori.

Unibertsitate horren bultzatzaile nagusia San Joan Avilakoa (1500-1569) izan zen. Luteranotzat salatu zuten eta Sevillako Inkisizioak auziperatu eta kartzelan sartu zuen. Harreman onak izan zituen San Inazio Loiolakoarekin.

Baezako Unibertsitate hori begitan hartu zuen Inkisizioak eta irakasle estimatuenak prozesatu zituen.

XVII eta XVIII. mendeetan zehar Baezako Unibertsitateak lanean jarraitu zuen, baina pixkanaka indarra galduz joan zen eta 1821ean itxi zen.

XVI. mendean inprimategi garrantzitsuak izan ziren Baezan, erlijio-arloan batez ere. Hantxe inprimatu ziren Examen de ingenios-en bi argitaraldi (1575, 1594).