Mikroorganismo terminoa oso lausoa da, eta tamaina txikiko izaki bizidun bezala zehaztu daiteke, zelula bakoitzak bere kabuz metabolismoa, hazkundea eta ugalketa bezalako bizi-funtzio guztiak egiteko ahalmena izatearen berezitasunarekin. Mikroorganismo prokariotoak arkeobakterioak eta eubakterioak dira, monera erreinukoak; eukariotoak alga mikroskopikoak eta protozooak dira, protoktisten erreinukoak; eta azkenik, onddo mikroskopikoak (lizun eta legamiak) daude. Beraz, birusak ez lirateke mikroorganismotzat hartu behar, gaixotasunak transmititzeko agente gisa duten garrantziak horrela aztertzera bultzatzen badu ere.