Izaki bizidunak sailkatzeko beste modu bat multzo edo domeinu handitan izango litzateke, molekula jakin batzuei buruzko (esaterako, proteinak eta azido nukleikoak) azterketak eskaintzen duen informazioan oinarriturik. Filogenia molekularrik zehatzena analisi molekularrean edo azido nukleikoen sekuentziazioan oinarritzen da, batez ere ARN erribosomikoarenean. Horren arabera, izaki bizidunen hiru domeinu finkatzen dira:

·Archae izenekoak, arkeobakterio guztiak biltzen dituela.

·Bacterioa izenekoak, eubakterio guztiak biltzen dituela.

·Eucarya izenekoak, gainerako izaki bizidun guztiak biltzen dituela, hots, eukariotak.