1506an Eskilinoko muinoan aurkitu zuten Laokoon-en estatua jarri zuen. Hurrengo bi mendetan hainbat gauza erantsi zitzaizkien hauei eta bildumak berrantolatu egin ziren Benedikto XIV.aren denboran (1740-1758) eta Klemente XIII.arenean (1758-1769). Hauek Liburutegi Museo Apostolikoak fundatu zituzten: Sakratua (Museo Sacro - 1756) eta profanoa (Museo Profano - 1767). Kristau Museoa, katakonbetan aurkitu eta bertan kontserba ez zitezkeen gauzak biltzeko, Pio IX.ak sortu zuen 1854an Latrango jauregian eta Vatikanoko museoetara aldatu zuen Joan XXIII.ak. Pio XI.ak 1932an Vatikanoko Pinakoteka inauguratu zuen, Vatikanoko museoen sarreratik gertu.