Cairoko lorategi Azbakiarra erabili zuten lehenbizi aztarnen biltegi gisa. Gero bilduma Saladinoren gotorlekuko beste eraikin batera eraman zuten. 1858an museo bat paratu zuten Boulaq-en, August Mariette arkeologo frantsesak bildutako gauzekin. 1880an Boulaq-eko museoan zeuden gauzak Ismail pasharen Gizeh-ko jauregiari atxikitako eraikin batera eraman zituzten. Gaur egungo museoa 1900 urtean eraiki zuen Marcel Dourgnon arkitekto frantsesak estilo neoklasikoan. Tebasen aurkitu zituzten 18. dinastiatik 20.era bitarteko hainbat faraoiren momiak daude museo honetan. 120.000 pieza daude erakusgai bertan: erregeen eta hauen sendikoen hilobietan aurkitutako gauzak. Tutankamon-en hilobian bakarrik 3.500 aurkitu zituzten. Horietatik 1.700 erakusgai daude eta gainerakoak biltegietan gordeta.